Quelques éléments de réponse (je viens de réinstaller skyrim et surtout, le ck). Attention, pavé théorique (si tu attends un réponse : "Ouaip, c'est bon, je te fais ça", tu peux arrêter de lire tout de suite, mais j'espère que ça serve de base de réflexion à d'autres moddeurs motivés, perso je pense pas avoir les compétences)
1) Pas trop compris... ce que tu veux faire ? Wrye bash permet une gestion externe de tes sauvegardes si besoin, avec quelques trucs en plus liés aux problèmes de broken save par rapport au menu du jeu, si c'est ce que tu cherches
2) Tu as essayé le mod racemenu et ses nombreux plug-ins ?
http://www.nexusmods.com/skyrim/mods/29624/?
Il permet notamment plus de couleurs, et des layers sur ton perso tels qu'une sous-couche en cuir ou en maille (impossible à retirer sans repasse par un showracemenu) qui permettent de donner un effet sympa sur des armures non-intégrales (typiquement les versions CBBE et autres), ou des tatoos. Il est probablement possible de créer un layer représentant une nouvelle version d'écaille, de fourrure, ou pourquois pas des plumes tant qu'on y est. Malheureusement, si la création du layer (similaire à une texture) et à la portée de pas mal de monde, la création du plug-in afin d'avoir la texture dispo dans le menu est une autre histoire, et je ne sais pas si le moddeur est toujours actif pour aider comme il l'était à une époque.
Pour les différents corps (rework complet, ou simples options comme les pieds de raptor pur argoniens), je crois que c'est une autre histoire à mettre en place, je préfère pas trop m'avancer sur le sujet. Je pense effectivement qu'avec PCEA (le mod dont tu parle, pour n'avoir des modifs que sur ton perso), il est possible de bidouiller un résultat, mais il faut garder en tête que c'est des modfis ultra lourdes, peu stables, et qu'à moins qu'xp32 ou un expert ne se penche sur le sujet, c'est hors de portée pour le commun des mortels, même juste quelques bidouilles perso (j'ai essayé... et j'ai échoué

)
3) Surement, plusieurs mods propose des histoires alternatives. Il faudrait en créer une de plus (ils en proposent déjà généralement plusieurs), et voir comment l'intégrer au mod. Plus simple que de tout refaire, le fait de modifier la quête initale est une source de bug non négligeable pour la suite de l'aventure. Mais bon, entre un bon scénario, une bonne mise en place de la quête (autre que popper à un endroit de la map quelconque avec quelques items/compétences et un livre qui de dit que tu es l'élu...), et un dévellopement propre et sans bug, il y a quand même un sacré boulot.
4) Rajouter des animations est un procédé ultra complexe. Pour la simple raison que Beteshda a utilisé havoc pour les mettres en place, et que tu peux plus ou moins considérer que la gestion des animations se fait plus ou moins indépendamment du jeu en lui même.
Si tu veux, dans le jeu, tu as une série d'action (du genre : "taper avec une épée", ou "marcher sur la droite" qui sont prédéfinies, et qui jouent une animation associée quand elles sont effectuée. Il est possible d'éditer ces animations, comme le font la plupart des mods d'animations (qui sont généralement explicitement nommés "animation replacer").
Par contre, si tu veux rajouter une nouvelle action, correspondant à une nouvelle animation, il faut faire des modifs lourdes du jeu, bien au delà de ce que peut te faire un .esp classique. FNIS propose se service. Mais, car il y a un mais : FNIS veut dire Fore's New Idle in Skyrim. Fore, c'est juste le nom du moddeur. Idle, c'est un type d'animation du jeu, les actions à l'arrêt (celles que font les pnj, comme passer le balais ou taper sur leur bouclier). Théoriquement, il n'y a pas de différences entre un idle et une vraie animation (genre courir). Cependant, comme les modifs du jeu sont lourdes, ça implique que ton jeu galère un peu à s'y retrouver. Pour un Idle, ça ne pose pas de problème, tu pourrais éventuellement voir un léger lag et basta. Par contre, pour une action "dans le temps" c'est pas dis que tout ce passe comme il faut (un problème de threading à mon avis, si tu as qq notions de programmation). Tu peux faire l'expérience avec le "momo acrobatic jump" dispo sur le nexus, qui laisse le saut par défaut, mais rajoute une nouvelle action "saut en avant" et son animation, un peu genre saut de haie, et une autre "saut arrière", qui est un salto.
Eh bien tu vas régulièrement avoir des bugs avec tes sauts (des fois ça saute pas, des fois ça atterris pas, des fois ça fait le saut normal, des fois ton jeu crash...).
Et surtout : c'est un boulot monstre, bien au delà des compétences de modding standard et des possibilités du ck, je doute que tu ne trouve un moddeur capable de s'y frotter.
5) Pour ce qui est d'avoir des "vrai" trainer, qui vont t'apprendre des trucs plutôt que de monter ta stats, c'est un peu plus simple à réaliser : un dialogue, un script qui vérifie que tu as les prérequis et t'ajoute le perk/sort/passif désiré.
En fait, je suis justement en train de bosser sur un truc du genre, actuellement pouvoir apprendre à forger les armures auprès des forgerons plutôt que de dépenser un point dedans, le tout de façon un peu RP (genre apprendre à forger de l'Orc si tu es amis avec eux et que tu as 50+ en forge, uniquement auprès des forgerons orcs). Je pensais étendre le truc aux différents enchantement, puis aux compétences de combat et autres arbres de perk une fois être parvenu à un truc stable avec les forgerons, je ne sais pas pourquoi j'avais complètement oublié l'apprentissage de sorts...
tl;dr :
1) Pas compris
2) Dépendant du niveau de personnalisation désiré, essaye racemenu et ses add-ons
3) Largement faisable, mais pas mon domaine, tu devrais pouvoir trouver quelqu'un
4) Quasiment-impossible et sera instable pour tout ce qui touche aux nouvelles anims, je me ferait pas trop d'illusion sur le sujet
5) Sera probablement possible, au moins en beta, d'ici quelques temps
