Ma préoccupation est avant tout celle d'un utilisateur de mod plutôt que d'un concepteur, mais l'idée est d'aborder les aspects techniques de ces archives pour conseiller finalement les deux types de personnes (utilisateur et concepteur).
Les arguments dans un sens ou dans l'autre concernent surtout les jeux plus récents (Skyrim, SSE, Fallout 4) où il n'y a plus le problème de bordel créé par ces archives comme c'est le cas avec les jeux plus anciens (invalidation des archives nécessaire, etc.).
Pour rappel la priorité est toujours fichiers libres > archives Bethesda.
Attention lors de l'extraction d'un BSA/BA2 à la présence de fichiers libres dans l'archive. Les fichiers extraits vont écraser ceux déjà présents alors que ces derniers ont souvent été ajoutés par après et doivent être replacés après (mise à jour, traduction, etc.) !!!
Arguments pour :
- Certains moddeurs préconisent de ne pas extraire les BSA car cela peut nuire à l'ordre de chargement (?). C'est le cas d'Arthmoor :
- Moins de fragmentation sur le disque dur.DO NOT extract the contents of the BSA file into your Data folder as loose files, or let your mod manager perform an equivalent function on the contents of the file. Doing so will cause things to load in the wrong order and break the game. Skyrim is intended to load a BSA alongside it's ESM/ESP file. Circumventing this causes issues which I will not provide support for. If you insist on going against this advice, you will receive no support for the problems you generate as a result of this.
- Utilisation plus facile pour les installations manuelles ou avec des gestionnaires de mods pourris.
- Chargement plus rapide (un BSA se charge plus rapidement que 1000 textures en fichiers libre) : lecture de disque, puissance de traitement et même de mémoire.
Arguments contre :
- Manipulation sans risque (?) avec MO2 puisqu'il garde bien chaque mod dans son dossier.
- Meilleure vision du contenu d'un mod avec les fichiers libres (loose files).
- Meilleure analyse des conflits, pas de possibilité de voir les conflits entre BSA (j'ai cru à une option à venir sur MO2 pour ça, mais je me suis fourvoyé), le dernier chargé gagne.
- Choix beaucoup plus personnalisables pour les installations avancées (choix des textures par exemple).
- Possibilité de se passer de certains plugins qui ne servent qu'à charger des archives de textures par exemple. Est-ce que c'est ça que LOOT indique comme "Plugins vides" (l’œil barré) ?
Discussions :
Je n'ai pas fait le tour de la question, je vous laisse ici quelques ébauches de pistes de réflexion. Le sujet est à compléter et vos connaissances et/ou question sont les bienvenues !

Petite discussion en anglais sur le sujet : forum du Nexus. Si vous avez d'autres sources, je suis preneur.
De manière générale je pense qu'il ne faut pas préconiser l'extraction des archives Bethesda, sauf pour une utilisation avancée.
Petite question con de quelqu'un qui ne crée pas de mods, si une habitation modifie des textures vanilla, ces textures ne seront appliquées que pour l'habitation, on est d'accord ? En fichiers libres ou avec un BSA, ces textures sont liées au plugin et ne s'appliqueront qu'à la demeure en question ? J'ai bon ?
